למרות שלכור היתוך גרפיט יש מאפיינים כמו צפיפות בצובר גבוהה, עמידות בטמפרטורות גבוהות, העברת חום מהירה, עמידות בפני קורוזיה חומצה ואלקלית, חוזק גבוה בטמפרטורות גבוהות ועמידות חמצון מעולה, ניקוים לאחר השימוש יכול להיות בעייתי, במיוחד בעת עיבוד חומרי גלם מסוימים.
השלב הראשון בניקוי כור היתוך גרפיט הוא הסרת החומרים הכימיים שבתוכו, ולאחר מכן ניקוי. שיטת הניקוי תלויה בסוג השאריות שנותרו בכור ההיתוך. בדרך כלל, המשקעים על כור היתוך גרפיט הם שאריות בעירה אנאורגנית, שניתן לנקות באמצעות חומצה הידרוכלורית, שכן רובם מסיסים. עם זאת, חלק מהשאריות המכילות רכיבי פחמן אינם מסיסים בחומצה הידרוכלורית. במקרים כאלה, ניתן להשתמש בחומצה חנקתית לניקוי, שכן יש לה תכונות חמצון חזקות. ניתן ליישם חימום גם במהלך תהליך הניקוי.
לחומרים שעדיין קשה לנקות, ניתן להרתיח אותם בחומצה הידרוכלורית מדוללת או בחומצה חנקתית מדוללת. שימו לב שחומצת הידרוכלורית המשמשת אינה מכילה חומרים מחמצנים כגון חומצה חנקתית, חנקות או הלוגנים. אם חומצה חנקתית מדוללת עדיין אינה מספיקה לניקוי, ניתן להשתמש באשלגן פירוסולפט מותך, נתרן קרבונט או בורקס לניקוי.
כור היתוך גרפיט צריך להישמר נקי, כאשר המשטחים הפנימיים והחיצוניים הם בהירים ומבריקים. לאחר חימום ממושך, המשטח החיצוני של כור ההיתוך עלול להיות עמום, ועם הזמן, קהות זו תחדור פנימה, ותגרום לכור ההיתוך להיות שביר ולהיסדק. לכן יש להסיר כל חומר טמא. אם עדיין יש כתמים או שהמשטח עמום, שפשפו בעדינות את המשטח בחול דק שעבר מסננת 100 רשת ואין לה קצוות חדים, תוך שימוש במים כחומר סיכה, כדי להחזיר את הברק למשטח.